Высшим органом Союзного государства является Высший Государственный Совет. В его состав входят главы государств, главы правительств, руководители палат парламентов Республики Беларусь и Российской Федерации. В заседаниях Высшего Государственного Совета также участвуют председатель Совета Министров, председатели Палат Парламента, председатель Суда Союзного государства.
Основные задачи Высшего Государственного Совета: определяет важнейшие вопросы развития Союзного государства; образует в пределах своей компетенции органы Союзного государства, включая органы управления отраслевого и функционального характера; назначает выборы в Палату Представителей Парламента Союзного государства; утверждает бюджет Союзного государства, принятый Парламентом Союзного государства, и годовые отчёты о его исполнении; утверждает международные договоры Союзного государства, ратифицированные Парламентом; утверждает государственную символику Союзного государства; определяет местопребывание органов Союзного государства; заслушивает ежегодный отчёт председателя Совета Министров о реализации принятых решений.
Высший Государственный Совет выполняет и другие функции, отнесённые к его ведению Договором о создании Союзного государства либо переданные на его рассмотрение государствами-участниками.
В настоящее время функции Председателя Высшего Государственного Совета исполняет Президент Республики Беларусь Александр Лукашенко. Он занимает эту должность с 2000 года.
Председатель Высшего Государственного Совета: организует работу Высшего Государственного Совета, председательствует на его заседаниях и подписывает принятые Высшим Государственным Советом акты, а также законы Союзного государства; обращается к Парламенту с ежегодными посланиями о положении в Союзном государстве и основных направлениях его развития; по поручению Высшего Государственного Совета ведёт международные переговоры и подписывает от имени Союзного государства международные договоры, представляет Союзное государство в отношениях с иностранными государствами и международными организациями; организует контроль за ходом реализации настоящего Договора и принимаемых Высшим Государственным Советом решений; в пределах своих полномочий даёт поручения Совету Министров Союзного государства; по поручению Высшего Государственного Совета выполняет иные функции.
